수해발생 지역에서는 하수관거의 범람 등으로 오염된 물을 통한 장티푸스, 세균성 이질, A형 간염, 장관감염증(노로바이러스 감염증 등)과 같은 수인성·식품매개 감염병이 유행할 수 있다.

수인성·식품매개감염병 예방을 위해 조리전 후와 식사 전에는 비누로 30초 이상 손을 씻도록 하고, 안전한 물(포장된 생수나 끓인 물)과 충분히 가열한 음식물을 섭취하도록 한다.

설사, 구토 등의 증상이나 손에 상처가 있는 경우 식재료 세척 등 조리과정에 참여하지 않도록 하며, 물이 닿거나 일정시간(약 4시간) 이상 냉장이 유지되지 않은 음식은 섭취하지 않도록 한다.

특히, 식품의 올바른 보관이 어려워짐에 따라 식중독 발생 위험이 높아지므로 조리수칙 및 개인위생수칙을 반드시 준수하여야 한다.

수해로 오염된 지역에서는 유행성 눈병(유행성각결막염, 급성출혈성결막염)이나 피부병도 주의하여야 한다.

피부가 오염된 물에 노출되면 피부병이 발생할 수 있으므로 침수지역에서 작업 시 피부가 노출되지 않도록 방수복과 긴 장화를 착용하고, 물에 노출된 피부는 반드시 깨끗한 물로 씻어내고, 수해복구 작업 중에는 충분히 수분을 섭취하고 휴식을 취해야 한다.

수해지역에서는 물 웅덩이등에서 모기가 증식하기 쉬운 환경이 조성됨에 따라 모기매개 감염병(말라리아 및 일본뇌염)에 대한 주의가 필요하다.

모기 유충의 서식지가 되는 물웅덩이, 막힌 배수로 등 고인 물을 제거하고, 야간에 야외활동을 자제하며, 가정 내 모기장 사용 등 모기에 물리지 않도록 주의해야 한다.

또한, 풍수해로 인한 이재민 임시 거주시설 또는 대피시설에 거주하는 경우, 밀집 환경으로 인해 코로나19 등 감염병 집단발생 예방을 위해 손 씻기, 마스크 착용 등 호흡기 감염병 예방수칙을 준수해야한다.